Entre 2001 et 2007, période durant laquelle l’accord de siège a été obtenu auprès du Ministère des Affaires Etrangères (mai 2001) et le Jubilé des 50 ans du Centre a été célébré (août 2001), l’organe de tutelle était toujours l’Académie, mais la tutelle du Ministère ivoirien en charge de la recherche scientifique était de plus en plus affirmée ; la Commission du CSRS a continué d’assurer l’administration, mais elle a été complétée en 2001 par un Conseil Scientifique constitué de personnalités en Côte d’Ivoire, Conseil qui avait pour mission d’assister le Directeur sur le plan de la gestion scientifique. Dans cette période 2001 - 2007, un chercheur africain a été nommé comme directeur du CSRS, le 20ème directeur de la série des directeurs depuis 1951 (tous suisses auparavant), à partir de juillet 2004. Cette africanisation du poste de directeur du CSRS répondait à une volonté de la Commission du CSRS de tenir compte de l’évolution de l’environnement académique et scientifique du continent africain. Malgré la crise survenue en septembre 2002 en Côte d’Ivoire, la Commission a poursuivi la politique d’évolution institutionnelle dans cette direction, ce qu’elle souhaitait pour le CSRS depuis l’organisation du Jubilé en 2001. En 2006, le Centre Suisse de Recherches Scientifiques a été le moteur de la signature d’une convention de coopération scientifique historique entre la Suisse (représentée par le SER - Secrétariat d’Etat à l’Education et la Recherche du Département Fédéral de l’Intérieur) et la Côte d’Ivoire (représentée par le MESRS - Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique).